主恢复里的众地方召会的运作是照着基督身体是一个生机体的原则，而不是如某些人所谬称，是个有阶级的组织。我们不该将身体正确的生机等次，与世俗的阶级组织混为一谈。说召会是一个生机体，并不表示作为基督身体的召会是没有次序的。在任何一个复合的生机体里，其组成份子之间必有一个对应的生机等次，以区别各份子的角色与功用。如保罗在罗马书十二章四至五节所说：〝正如我们一个身体上有好些肢体，但肢体不都有一样的功用；我们这许多人，在基督里是一个身体，并且各个互相作肢体，也是如此〞（参6～8节，林前十二章）。
阶级组织是一个金字塔，除了顶层，也就是最高一级外，每一级要服从比它高一级的上级。命令沿着金字塔由上而下到达该执行的阶层。主流的基督教派里大多都有此结构，最早可回溯到罗马天主教，有教皇、红衣主教、大主教等。然而，在主的身体里和作基督身体地方彰显的主恢复众召会中间，却没有这个结构，只有活的身体的生机等次。
带进身体等次的四个因素
一九五六年，李常受弟兄召开了一个事奉训练，后来出版成〝召会的三方面〞，一套三册。在第三册里，李弟兄借用〝组织〞一词，说到神如何借着把不同功用的肢体安置在身体里，建立了在基督身体里的等次。他说明身体的等次来自四个因素：生命、主权、功用和职事。所有信徒都借着重生接受了神圣的〝生命〞，被构成为基督身体上的肢体。基督是这身体的头，有独一的〝主权〞。借着肢体〝尽功用〞，并借着主兴起并构成之特别器皿的〝职事〞，肢体间相互供应生命。
这些方面都可以在以弗所书四章十五至十六节里看到：〝惟在爱里持守着真实，我们就得以在一切事上‘长’到祂，就是‘元首’基督里面；本于祂，全身借着‘每一丰富供应的节’，并借着‘每一部分依其度量而有的功用’，得以联络在一起，并结合在一起，便叫身体渐渐‘长大’，以致在爱里把自己建造起来〞。〝长〞和〝长大〞含示生命，〝头〞含示权柄，〝每一部分依其度量而有的功用〞指的每个肢体的功用，〝丰富供应的节〞是主所赐的有恩赐的肢体，为要借其职事成全圣徒，使圣徒们能有分于职事的工作，建造基督的身体（11～12节）。建造基督的身体含示一种的秩序，不是出于阶级组织，而是出于一个生机的实体，借着相互供应生命而联结在一起。对此，李弟兄说：〝这个等次是从前四项出来的：从生命出来的，从主权出来的，从功用出来的，从职事出来的。这个等次不是因为有什么人来告诉我们：‘你在某某人上面，你在某某人下面。’这没有用处〞（召会的三方面之三—召会的组织，英43页）。
新約中的領導
新约职事里的领导不是在阶级里发号施令，而是在于使徒的教训，也就是新约的教训。在提多书一章九节里，对长老的要求之一是要〝坚守那按照使徒教训可信靠的话〞。这样的坚守使得召会中带领的人〝能用健康的教训劝勉人，又能使那些反对的人知罪自责〞（5节）。因此真正有权柄的不是长老，而是使徒的教训。
长老在地方召会行监督之责，同工作为跨地方的使徒尽功用，长老和同工的存在不仅合乎圣经，也不会使召会变成组织。只要长老和同工是照着使徒教训里身体的原则服事，他们就是在生机的尽功用，而不是组织。李弟兄描述了长老们该如何借着交通，而不是命令，尽他们的职责：
身体上的肢体，各有各的地位，各有各的职责，所以我们应当把社会等次的观念拿掉。我作长老，不觉得比别人高；我作执事，也不觉得比别人低。我作长老定规事情，请执事配合，不是上级下命令给下属；我作整洁的，也不是以下属的身份，听上级的话来作，我乃是配合召会服事主。（主恢复中划时代的带领第五册—召会分项事奉的建立，英119页。）
李弟兄和目前在职事上带头服事众召会的弟兄们，一再嘱咐负责弟兄们不要成为今日的尼哥拉党，作主辖管群羊（启二6，15，彼前五3），反要照着神牧养圣徒（2节）。任何与此榜样不符者，都违背了主今日恢复里的教导和普遍实行。我们见证主恢复里的圣徒、长老和同工，都正竭力照着身体的这些重要原则，以交通而非阶级制度的方式，实行召会生活。
两个错误的观念
有人称水流职事站（Living Stream Ministry）为地方召会总部，这是错误的。水流职事站由李常受所成立，为了出版并推广他与倪柝声共有的职事。在这定位下，水流职事站的职责是将两人的职事以多种形式出版，并举行训练、特会等活动，以服事众召会和圣徒们的需要。水流职事站从不指挥众召会，其员工或主管也没有因他们在职事站的工作而在众召会中居领导地位。
主恢复中的领导是由一班同工们负责，其中有些是水流职事站的员工或主管，有些则不是。同工们在众召会中间的权柄，并非出自他们在水流职事站的服事。他们被承认为同工，是因为他们向着新约使徒的教训忠信，并且他们是主赐给祂的身体的恩赐，是丰富供应的节，以成全圣徒作职事的工作，建造基督的身体（弗四11～12，16）。在水流职事站服事的人，因着认识倪柝声和李常受职事对召会的极大益处，受主推动并装备来服事这份职事的出版工作。
有些人以召会登记为501c3条款下的非营利机构为据，声称地方召会是一个组织。这又是一个错误。召会必须登记为501c3条款下的非营利机构，圣徒的财务奉献才能抵税。不仅如此，办理银行交易，购置会所和其他产业，通常都需要向州政府作此登记。为着业务存在的公司，与作为属灵实体的召会是有分别的。许多召会都将两者间的分别明示在公司章程里，公司的职权仅限于法律上的要求，召会属灵的方面—基督身体在地方上的彰显，则不受此限。
召会—基督的身体—乃是一个活的实体，众肢体接受主仆人的职事，在基督这元首的权柄下依其度量尽功用，在爱里把自己建造起来（15～16节）。不认识基督身体原则的人错误的把生机的等次当成了组织。